בין 2 המקומות בתורה אודות מלחמת עמלק , קיים הבדל מהותי.
בספר שמות הקב"ה מדבר אל משה רק לאחר סיום המלחמה. בדבריו הוא לוקח על עצמו את המחויבות ההיסטורית העתידית למחיית עמלק ואין בדבריו כל ציווי למשה ו/או לעם. לעומת זאת בספר דברים, משה מצווה על העם את יישום מחיית עמלק וזאת לאחר שכביכול מעורבות הקב"ה במלחמה עם העמים תמה (על הצד הטוב: והיה בהניח) ויישום המצווה כולו על העם. שמואל הנביא בדבריו לשאול משלב את שני המקומות: ב כֹּה אָמַר ה' צְבָאוֹת פָּקַדְתִּי אֵת אֲשֶׁר עָשָׂה עֲמָלֵק לְיִשְׂרָאֵל אֲשֶׁר שָׂם לוֹ בַּדֶּרֶךְ בַּעֲלֹתוֹ מִמִּצְרָיִם:
ג עַתָּה לֵךְ וְהִכִּיתָה אֶת-עֲמָלֵק
אולי הסיבה לכך נעוצה במה שחז"ל הציפו לנו, בהשוותם את תולדות אליפז ו-תמנע בספר בראשית ובדברי הימים. עמלק שהיה תולדותם, הוא בן תזנונים למשכב אב-אליפז עם בתו-תמנע (וזאת על אף שבכל העמים באה לידי ביטוי הכחלת עינו של היצר הרע בעובדה שאב נמנע מלראות את בתו כמושא לחשק מיני). באם נצרף את דברי רבקה אודות נישואי בנה עשיו עם בנות חת, נראה שיש להבין את השמדת חת ועמלק כחלק מ-7 עממים שעל מעשים אלו אומר הכתוב "כתועבות העמים".
אינני יודע כיצד מקיימים מצווה זו בפועל ממש. ייתכן שיש לעיין במקרה דומה לאשר קרה לשאול, וזה המלחמה במדיין שקראנו בסוף ספר במדבר. הלוחמים חזרו מהמלחמה עם ילדים (זכרים) ונשים (מבוגרות וצעירות). ואז באה הוראת משה: יז וְעַתָּה הִרְגוּ כָל-זָכָר בַּטָּף וְכָל-אִשָּׁה יֹדַעַת אִישׁ לְמִשְׁכַּב זָכָר הֲרֹגוּ. יח וְכֹל הַטַּף בַּנָּשִׁים אֲשֶׁר לֹא-יָדְעוּ מִשְׁכַּב זָכָר הַחֲיוּ לָכֶם. דהיינו: הלוחמים היו צריכים להיכנס לתוך מחנה השבויים, להרוג את כל הילדים (גם עוללים שבידי אימותם שאף הן נהרגו שהרי ידעו משכב זכר) וכן את כל הנשים שטרם קיימו יחסי אישות. הריגת הנשים והילדים, לא היה ברובה ממרחק 30 מטר גם לא בפגז טנק ממרחק קילומטר ולא בפצצה ממטוס. הרג היה ע"י שיסוף בחרב ממרחק מגע (כמו שמואל). נכון שאז העולם היה שונה, אבל כיצד עושים זאת? .
אין ספק שזה בוצע, היות ובהמשך כתוב במפורש: לה וְנֶפֶשׁ אָדָם מִן-הַנָּשִׁים אֲשֶׁר לֹא-יָדְעוּ מִשְׁכַּב זָכָר כָּל-נֶפֶשׁ שְׁנַיִם וּשְׁלֹשִׁים אָלֶף והכתוב מאשש מספר זה אח"כ כאשר כתוב על המכס מהמחצית: וְנֶפֶשׁ אָדָם שִׁשָּׁה עָשָׂר אָלֶף וּמִכְסָם לַיהוָה שְׁנַיִם וּשְׁלֹשִׁים נָפֶשׁ (וראה את הבית יוסף על הטור בנושא "אשה זונה וחללה לא ייקחו" בו יש את הפרוט הנרחב ביותר על מהות האיסור, שהרי כאן ניתנו 32 בנות שהורתן בזנונים לאלעזר הכהן).
והשאלה נשארת, כיצד עושים זאת בפועל בידינו ממש.