העדר תעודות הכשר בבתי החולים הממשלתיים
1. על פי הנחיות משרד הבריאות, "בתי-החולים ובכלל זה בתי-חולים המאשפזים חולים סיעודיים יהודיים, מחויבים להיות תחת השגחת כשרות". בהנחיות לא מצוין מי הגורם האחראי ל"השגחת הכשרות". בתי החולים הממשלתיים מעסיקים לשם כך משגיחים ומקצתם - אף רבנים; שכרם משולם על ידי בתי החולים מתקציב שמועבר אליהם ממשרד הבריאות. מחלקת מוסדות רפואיים ברה"ר מפקחת על כשרות בתי החולים הממשלתיים ומנחה את המשגיחים מבחינה הלכתית.
הביקורת העלתה כי בבתי החולים הממשלתיים אין תעודות הכשר של הרבנות המקומית או לחילופין של הרה"ר.
ראש אגף הכשרות מסר למשרד מבקר המדינה, כי הרה"ר מצדדת במתן תעודות הכשר בידי הרבנות המקומית, אך הדבר תלוי בתקני משגיחים מטעם משרד הבריאות. לדבריו, הרה"ר תקיים פגישה עם אנשי משרד הבריאות והמשרד לשירותי דת כדי למצוא פתרון לתקני המשגיחים.
2. מחלקת מוסדות רפואיים ברה"ר לא הכינה נהלים לגבי ההיבטים השונים של הפיקוח על הכשרות בבתי החולים. גם הרבנות המקומית בכל יישוב שבו שוכן בית חולים לא ראתה עצמה מופקדת על הנחייתם, ולכן התעוררו בעיות רבות. לדוגמה, יו"ר ארגון רבני בתי החולים הודיע ביוני 2005 למנהל מחלקת מוסדות רפואיים ברה"ר על הבעיות שעלו בכנס רבנים ומשגיחי כשרות בבתי החולים: למשגיחי הכשרות בבתי החולים, העובדים חמישה ימים בשבוע, אין מחליפים בימי שישי או בעת יציאתם לחופשה; במרבית בתי החולים אין תקן למשגיח שבת; במרבית בתי החולים הממשלתיים משגיח הכשרות כפוף מינהלית למנהל המטבח, ולכן יש חשש שהוא לא יוכל למלא את תפקיד הפיקוח כראוי שמא ייפגעו תנאי העסקתו; יש חנויות מזון במתחמי בתי החולים שאינן מעוניינות בתעודות הכשר.
הנהלת בית החולים רמב"ם פנתה ביוני 2005 אל מנהל מחלקת מוסדות רפואיים בשאלות האלה, הנוגעות לשמירת הכשרות בבתי החולים: מי הגוף המפרסם הנחיות בנושא כשרות המזון המסופק
על ידי בית חולים ומי מעניק תעודת הכשר לבתי החולים - הרבנות המקומית או הרה"ר או שמא רב בית החולים? האם לא יהיה נכון להגדיר את מתחם בית החולים כמתחם אקס-טריטוריאלי מבחינת הכשרות כך שיהיה כפוף לרה"ר על מנת ליצור אחידות בנוהלי שמירת הכשרות בבתי החולים; מהו מקור החובה לשמירה על הכשרות של זכיינים הפועלים בתוך בתי החולים.
מהאמור עולה שהיעדר הנחיות ברורות יצר מצב שבו הרבנויות המקומיות אינן אחראיות בפועל לכשרות בבתי החולים הממשלתיים. לדעת משרד מבקר המדינה, על הרה"ר ועל המשרד לשירותי דת לפעול בהקדם יחד עם משרד הבריאות לקביעת הגורמים האחראים לשמירה על כשרות ולמתן תעודת הכשר בבתי החולים הממשלתיים ולגיבוש הנחיות מתאימות, לרבות בעניין הגורם האחראי לתשלום אגרות הכשרות.
בתשובתו למשרד מבקר המדינה השיב מנכ"ל הרה"ר, כי יש לעשות כל מאמץ כדי שיהיו תעודות הכשר בבתי החולים הממשלתיים. הוא הודיע שהרה"ר תפעל לשכנע את נציגי משרד הבריאות להקצות את התקנים הנדרשים לשם כך ולהבטיח שמירה נאותה על כשרות בבתי החולים.
משרד הבריאות הודיע למשרד מבקר המדינה ביולי 2008 כי שמירת הכשרות היא באחריות הנהלת בתי החולים, ועל משגיח הכשרות וההנהלות לדאוג לכך.
לדעת משרד מבקר המדינה, הציבור הנזקק לשירותי בתי החולים הממשלתיים זכאי לדעת מה טיב ההשגחה על הכשרות בבתי החולים. מן הראוי להסדיר את המצב מבחינה נורמטיבית, כולל הצגת האישור מאת הגורמים המשגיחים בבתי החולים על הכשרות שהם מקיימים.