חידה: צורת סמיכה בתנך שפעם קיימת ופעם לא

לדוגמא: כש'מערה' נסמכת ל'מכפלה' זה נכתב: 'מערת המכפלה', וכך תמיד, אבל צורת הסמיכה שאני שואל עליה, נוהגת לפעמים ולפעמים לא, אף שזה דברים זהים והכלל צריך לחול גם עליהם. ובקיצור, יש להביא כלל לצורת סמיכה שלא תמיד נוהג, ולהביא הכין הוא נוהג והיכן לא. למשל, אם ניקח את הדוגמא הנ"ל, יש להביא מקום שפעם כתוב 'מערת המכפלה' ופעם 'מערה המכפלה'.

האם יש דוגמאות של צירי סמוך שאינו משתנה לסגול או פתח חוץ מאפה שהאות האחרון הוא מאותיות אהו"י?

נדמה לי שגם המילה קֵן נכללת בכלל הזה:
כִּי יִקָּרֵא קַן-צִפּוֹר לְפָנֶיךָ (בפתח) - דברים כ"ב ו'.

אני לא מכיר את החוק המסויים שתארת, אבל לרוב, שינויי ניקוד בסמיכות משמרים צורת הגיה עתיקה יותר. למשל, המילה כָּבֵד חוזרת בסמיכות לצורת ההגיה הקדומה כְּבַד (כְּבַד-פה). כך גם שאר משקלי הסגוליים שחוזרים לפעמים בסמיכות (ולפעמים ברבים או בכינויי הקניין) לצורה הקדומה. למשל ההגיה הקדומה של כֶּסֶף היא כְּסַף ושומעים אותה בצורה הריבוי כְּסָפִים.

לשאלתך, אני חושב שהסיבה להבדלי הניקוד במקרים שהבאת היא שמדובר במשקל אחר.

בלי אהו"י:
חיק בניהם, עין עבדו, עוכר ישראל, עין גדי, שם העיר.

שינוי נוסף בניקוד העיצור האחרון של מילה סומכת:
'וקנמָן בשם' לעומת 'קנה וקנמון'.
'בתָם לבבי' לעומת 'הולך בתום'.
האם כל חולם הופך לקמץ?

כאן ההיפך, זה לא משתנה מצירה אלא לצירה:
'בחלֵב אמו' לעומת 'חלָב נתנה'.

ואת כל זה קיבל בן אשר בעל פה בלי ספרים דור אחרי דור אלפי שנים כללים וכללי כללים על עשרות אלפי מילים? ואכמ"ל.

'ההגיה הקדומה של כסף היא כְסף' - היש מקורות לדבריך שהעברית המקורית היתה נהגית בשוואים של סמיכה ושאנו בעצם לא מדברים את העברית המקורית?

'בתָם לבבי' אך לא 'בנקיון כפי'. הנה שוב פעם כן ופעם לא

נדמה לי שאתה מתכוון לצורת הפסק:
http://www.safa-ivrit.org/history/bible_hefsek.php

ההגיה הקדומה ושינויי התנועות הם דברים ידועים, ותוכל למצוא הסברים להם בספרי הדקדוק, אני מניח שחלקם נמצאים גם ברשת.

למשל, ההגיה מעוטת התנועות, כגון כְּסַף, זהה להגיה של המילים הללו בארמית ובסורית, אלא שבעברית היא השתמרה רק בצורות מסויימות כמו בסמיכות וכמו בצורות פועל מסויימות. למשל, מן הפועל קָשַׁר בגוף רבים נוכח מקבלים קְשַרְתֶּם.

תודה לאביעם על הקישור, אך צורת הפסק, אתנחתא או סוף פסוק, אינה יכולה להיות בין המילה מקל למילה ליבנה, או בין קן ל'ציפור'.

אתה צודק, חשבתי שאתה מדבר על שינוי בניקוד של "עין גדי" (בצרוף סמיכות, המילה הראשונה נקראת נסמכת והשניה היא הסומכת).

לגבי יוצאי הדופן בניקוד של הנסמך, אני לא יודע את התשובה. ומה תאמר על הניקוד של המילה כל, למשל בפסוק:
אַתֶּם שְׁמַרְתֶּם, אֵת כָּל-אֲשֶׁר צִוָּה אֶתְכֶם מֹשֶׁה ...
וַתִּשְׁמְעוּ בְקוֹלִי, לְכֹל אֲשֶׁר-צִוִּיתִי אֶתְכֶם"
(יהושע כב ב)

מן הסתם, התשובה נעוצה בהבדל בטעמים או במתג, אבל אלו הבדלים דקים וקשה למצוא את ההסבר בספרי הדקדוק.