בספרו מלחמות היהודים (ז' ט'), מתאר יוספוס את ההתאבדות ההמונית של מגיני מצדה, בפיקודו של אלעזר בן יאיר. על פי תיאורו, כאלף אנשים, נשים וטף נטלו את נפשם במו ידיהם, בראותם שאפסו הסיכויים להחזיק מעמד אל מול כוחות הלגיון הרומאי העדיפים מהם פיזית ומספרית. יוספוס מביא באריכות את נאומו הנרגש של מפקד המצדה, המשכנע את הלוחמים שתחת פיקודו, להסכים להתאבדות קולקטיבית במקום להרים ידיים ולהכנע לכוחות הרומאים.
תמיהה מפורסמת היא, מדוע אין לארוע מצמרר זה אף שמץ של אזכור בספרות חז"ל הענפה? הלא אף הם כיוספוס, היו קרובים לתקופת החורבן והמרד?!
היו שרצו ליישב זאת בכך, שההלכה אוסרת מעשה של איבוד עצמי לדעת, מלבד על שלושת העברות שעליהן נאמר "ייהרג ועל יעבור". מגיני מצדה לא נהגו אפוא כשורה בהתאבדותם, ולכן לא ראו חז"ל לנכון לאזכר מעשה זה. היו שטענו שהסיבה להתעלמות זו, היא העובדה שאנשי מצדה נימנו על כתות חיצוניות שלא היו מקובלות על חז"ל, ולפי פלאביוס היו ממיליציית הסיקריים, כנופיה של גזלנים ורוצחים (מלחמות היהודים, תרגום י.נ. שמחוני, עמ' 265). הסבר נוסף שנשמע לעיתים קרובות הוא, שעצם מלחמתם של המצדיים היתה למען חירות הגוף, בעוד שחז"ל החשיבו יותר מלחמה למען חיי הרוח, דוגמת מלחמת החשמונאים.
אלא שלאור המחקרים העדכניים, ייתכן שהתשובה פשוטה יותר. בשנים האחרונות עוררו כמה חוקרים שאלות קשות, המעלות ספק רציני מאוד, האם אכן ארע כלל סיפור זה, שהפך עם השנים למיתוס, או שמא בדה אותו יוספוס ממוחו היצירתי ומשבט הסופרים שבידו.
החוקרים טוענים, כי נאומו האחרון של אלעזר בן יאיר, כפי שמביאו יוספוס, אינו אלא פרי הדמיון. הוכחה לכך ניתן למצוא בעובדה, כי ע"פ מה שמציין יוספוס, התרחש מעשה ההתאבדות ביום הראשון של חג הפסח. אך למרבה הפלא, בנאומו של אלעזר, לא מוזכרת עובדה זו אף לא ברמז קל, וזאת למרות שכל נאומו, כביכול, סובב על מוטיב החרות. בהנחה שאכן היה מעשה זה ארוע מציאותי, מדוע לא כלל מפקד המצדה בנאומו עובדה זו, העשויה לסייע לרעיונותיו בדבר החירות, הלכה למעשה?!
החוקרים מניחים, כי יוספוס השתמש בטכניקה ספרותית נפוצה, אשר שמה בפי הגיבור את הדברים המביעים את רעיונותיו של הכותב, ולאו דווקא את דברי הגיבור עצמו. כך נהג גם גדול ההסטוריונים היווניים - טוקידידס, שהיה שם נאומים נמלצים בפי נשואי ספריו. טכניקה זו מופיעה במקומות שונים בכתבי יוספוס עצמו, למשל כאשר הוא שם בפי יוסף ואשת פוטיפר מילים ורעיונות אשר אין להם כל זכר בדברי התורה.
מעניין לציין, כי נאום יוספוס עצמו אל מגיני יודפת, בהיותו עדיין מפקד הגליל, מנוגד תכלית ניגוד, מבחינה רעיונית, לנאומו של אלעזר בן יאיר, אף ששניהם נאמרו בסיטואציה דומה. בעוד אלעזר קורא לפיקודיו: "מות נמות בטרם נהיה עבדים לשונאינו ובני חורין נשאר בעוזבנו את ארצות החיים, אנחנו, נשינו ובנינו. ככה ציוו עלינו חוקי תורתנו... האלקים פקד עלינו את הגזירה הזאת" (מלחמות ז' ח'), נואם יוספוס ללוחמי יודפת ואומר: "איש רך לבב הוא הקברניט אשר ירא את רוח הסערה והטביע את אוניתו בים. הן בשלחנו יד בנפשנו ... נחטא לאלקים הבורא אותנו... הן מידו קבלו את רוח חיינו ובידו אנו מפקידים אותה, לאוספה אליו... נשמות האנשים אשר טרפו נפשם בכפם תרדנה אל השאול... כי את הדבר הזה שנא האלקים"... (מלחמות ג' ח').
החוקרים משערים, כי בסתירה זו מתגלה נפשו החצויה של יוספוס, כשהיא מתייסרת במעשה הבגידה שלו ביודפת, כשגרם להתאבדותם של רעיו הלוחמים, ומאידך, ברצונו להלל ולשבח את הרומאים, נותני לחמו וכבודו.
טענות נוספות נשמעות מפי החוקרים. בין השאר, יש לשים לב, כי עד היום לא נמצאו בחפירות הנרחבות שנעשו במצדה, שום הוכחות מדעיות למעשה ההתאבדות. לאור כל זאת וע"פ מקורות היסטוריים שונים, מניחים כי לוחמי מצדה נלחמו מלחמת ייאוש ונפלו בקרב עד האחרון שבהם.
לאור הדברים הללו, סביר להניח, שהסיבה שלא ייחסו חז"ל לקרב מצדה את המשמעות ההרואית שרגילים לייחס לו, משום שלא היה אלא קרב מאסף שכמוהו התנהלו רבים לאחר החורבן, וכל סיפור ההתאבדות ההמונית לא היה ידוע להם, מפני שלא התרחש מעולם.
נראה אפוא, כי מיתוס "מבצר הקנאים" בן עשרות השנים, שטופח בידי מנהיגים ציוניים מיליטנטיים ("שנית מסדה לא תיפול"), והוטבע עמוק בציפור נפשה של האומה הישראלית-ציונית החדשה, ראוי לבחינה מחודשת, יסודית ומקיפה.
