במהלך שנות פעילותו הארגון נטל חלק בשורה ארוכה של מאבקים. פעילות הארגון התבצעה בעיקר בישראל, והחל משנות התשעים החל הארגון לפעול גם באירופה, כנגד חפירה לצורך בנייה בבתי קברות יהודיים.
קבר הרמב"ם - תמונה משנות ה-50
בשנים הראשונות להקמת מדינת ישראל החלו ארכאולוגים ישראלים לחפור במקומות רבים במדינה. חלק מאתרי החפירות היו בתי קברות עתיקים ידועים, וחלקם היו אתרים מסוגים שונים – אך היו בהם גם קברים עתיקים. בספרות חרדית נטען כי החוקרים נהגו לקחת עצמות לבדיקות שונות, ולזרוק את העצמות שלא היה בהן צורך מדעי.[14]
ההתנגשות הראשונה בין החרדים לבין הארכאולוגים הייתה סביב קבר הרמב"ם בטבריה. בסוף 1955 החלו באתר עבודות פיתוח מטעם משרד הדתות, ועד מהרה התגלו קברים רבים מסביב לקברו של הרמב"ם. עובדי מע"ץ המשיכו בעבודות למרות הימצאות הקברים, ומאוחר יותר הצטרפו לחפירות באתר עובדי אגף העתיקות והמוזיאונים ונטלו מהמקום ארונות קבורה ועצמות.[15] לאחר מספר שבועות של עבודות באתר, ב-1 בינואר 1956, הוזמנו למקום אנשי חברה קדישא מטבריה, והם הובילו לקבורה את שאריות העצמות שהיו פזורות בשטח.[16]
ידיעה קצרה שפורסמה ב-2 בינואר בעיתון "הארץ" על "טיהור חצר קבר הרמב"ם מטומאת הקברים הלא-ידועים שנתגלו בו" ועל "טקס שנערך לקבורת העצמות שנאספו מתוך הסרקופגים והקברים והועברו בטקס לוויה לקבורה ליד בית העלמין היהודי בגלל הספק בדבר יהדותם",[17] עוררה סערת רוחות בקרב החוגים החרדיים בישראל ובחו"ל. למול הפרסום בעיתון על "ספקות בדבר זהותם של מתים אלו אם הם 'בני ברית' או לא", טען רבה הראשי של תל אביב - הרב יעקב משה טולידנו - כי "סביבת קבר הרמב"ם מלאה לה קברי גדולי ישראל... מתקופת הנשיאים ובעלי המסורת... ואף אחד לא פקפק בזה לחשוב שיש שם קברים של לא-יהודים".[18]
אחד מהמנהיגים הבולטים של הציבור החרדי אז, הרב יצחק זאב סולובייצ'יק, הזדעזע ממה שראה כחילול כבוד המתים. הוא פנה לרבני העדה החרדית ונטורי קרתא – הרב עמרם בלוי והרב אהרון קצנלנבוגן – וביקש מהם לארגן הפגנות ולמנוע ככל יכולתם את המשך העבודות בקברים שבטבריה. הם יצאו עם מספר רב של פעילים לאתר קבר הרמב"ם ומחו על הריסת הקברים. המחאות השפיעו, ומשרד הדתות ומחלקת העתיקות נרתעו והחליטו להקפיא זמנית את העבודות באתר.[19] הקפאת העבודות הביאה לשתי שאילתות בכנסת, שלהן השיב סגן שר הדתות זרח ורהפטיג.[20]
לאחר תקופת-מה חודשו הפעולות שנתפסו בעיני החרדים כחילולי הקברים, ועִמן המחאות וההפגנות מצד החרדים. אנשי נטורי קרתא הציבו משמרות סביב הקברים לאורך כל היממה על מנת למנוע בגופם מהפועלים ומהארכאולוגים להתקרב אל הקברים. למחאה הצטרפה קבוצת חרדים מבני ברק, בהם הרבנים חיים שאול קרליץ, שמריהו יוסף גריינמן ודוד שמידל. קבוצות המוחים מנו מאות אנשים, והם ערכו גם הפגנות ברחובות טבריה. אנשי נטורי קרתא פרסמו כי הם שוקלים פנייה לאו"ם על מנת שיתערב בפרשה זו.
באחד הימים פגע אחד הטרקטורים שעבדו במקום בקברו הסמוך של השל"ה.[21] אף כי הפגיעה הייתה בשוגג, פרצה במקום סערת רוחות, ונהג הטרקטור מיהר להימלט על נפשו. בעקבות תקרית זו התחוללה מהומה קשה, והמחאה הקיצונית שהתרחשה ביום ההוא הביאה להחלטה הסופית להשעות את העבודות באתר קבר הרמב"ם. נציגי משרד הדתות והרבנות הראשית התחייבו ששום עבודת חפירות לא תתבצע עוד במקום.[22] החרדים החלו מיד בליקוט העצמות המפוזרות וקבורתן – מלאכה שארכה שבועות אחדים. העצמות נקברו בסמוך לקבר הרמב"ם, והוקמה עליהן מצבה שעליה הכיתוב: "ליקוט עצמות".[23][24]
מעט אחרי שהסתיימה פרשת קבר הרמב"ם פרצה פרשה חדשה סביב החפירות הארכאולוגיות בבית שערים. בעונות החפירה של 1956 ו-1957 נמצאו במקום גלוסקמאות וקברים רבים, והעצמות שהיו בהם נלקחו על ידי החוקרים למטרות מחקר. כאשר התפרסמו הדברים בקרב הציבור החרדי הם עוררו סערת רוחות, ובעקבות כך התקיימו הפגנות וננקטו פעולות מחאה. בבית שערים, שלא כבטבריה, לא יכלו החרדים לשהות במקום עקב מחסור בתנאי שהייה ולינה, ומסיבה זו התנהלה רוב הפעילות בדרך של שדלנות – פניות לגורמים בכנסת ובמשרדי הממשלה הנוגעים בדבר.[25]
בקיץ 1981, לאחר שתי עונות חפירה קודמות, נערכו חפירות ארכאולוגיות בעיר דוד, בסמוך לירושלים העתיקה. בצפון מתחם החפירות (שטח G) התגלו קברים ועצמות, ומשרד הדתות הורה לצמצם את החפירות. הוראה זו לא סיפקה את פעילי "אתרא קדישא", והם הגיעו לאתר החפירות כדי למחות כנגדן ולמנוע את המשכן. הארכאולוג האחראי, ד"ר יגאל שילה, טען שהקברים אינם קברי יהודים, אך פעילי הארגון ואנשי משרד הדתות טענו כי הקברים הם קברי יהודים מתקופות קדומות. גם הרבנים הראשיים שלמה גורן ויצחק נסים סברו כן ופרסמו פסק הלכה לפיו אין להמשיך את החפירות. לאור כל זאת החליט שר החינוך והתרבות, זבולון המר, להפסיק את הפעילות הארכאולוגית באתר.
המכון לארכאולוגיה של האוניברסיטה העברית, החברה לחקירת ארץ-ישראל ועתיקותיה ויגאל שילה עתרו לבג"ץ נגד החלטת השר, ועתירתם התקבלה. בית המשפט קבע כי "בהחלטתו אסור לשר להיות מושפע ממעשי אלימות, וכי חוות דעת הלכתיות אינן מחייבות נושאי משרה ממלכתיים".[26] לאור הפסיקה התחדשו החפירות ועמן ההפגנות והמחאות האלימות. בסופו של דבר נחל מאבקו של "אתרא קדישא" כישלון, והקברים שבאתר נחפרו כרצון הארכאולוגים.
בסוף שנת 1984 היה מקרה נוסף שנחשב בעיני הארגון לחילולי קברים – פרשה בעלת השלכות עד היום (2010) – כאשר הנהלת מלון "גני חמת" (כיום הולידיי אין) בטבריה החליטה להוסיף אגף חדש לבית המלון. בחפירות שנערכו לצורך יציקת היסודות נתגלו עצמות וקברים רבים. במקרה זה לא היה ספק שמדובר בעצמות יהודים, עקב העובדה שמיקומו של בית המלון נשק לבית העלמין העתיק של טבריה. המלון היה בבעלותה של חברת אפריקה ישראל, שהייתה אז חברה בת של בנק לאומי לישראל.
עם היוודע המקרה פרצו שוב הפגנות ומחאות רבות, בטבריה ובריכוזים חרדיים בישראל. הופעלו לחצים רבים על בנק לאומי כדי שיורה ל"אפריקה ישראל" להפסיק את הריסת הקברים, אך ללא הועיל. מכיוון שהנדון היה בניית מלון ולא חפירות ארכאולוגיות, הוצעו להנהלת המלון פתרונות הלכתיים-טכניים לפיהם יישארו הקברים במקומם, ובניית האגף תתבצע על הגבהה מיוחדת. "אפריקה ישראל" סירבה גם לזאת, והמחאה נמשכה בעוצמה רבה.
תפנית משמעותית התרחשה כאשר החליטו מנהיגים בולטים בציבור החרדי דאז – הרב יעקב ישראל קניבסקי, הרב אלעזר מנחם מן שך ואחרים – לקרוא לחרם צרכני כנגד בנק לאומי. הרבנים פרסמו מכתב שבו נאמר בין השאר: "בדבר השערוריה הנוראה על הריסת קברי ישראל בזדון, שנעשה בטבריה על ידי חברת בת של בנק לאומי בע"מ, לצורך בניית והרחבת בית מלון ולאחר שהוזהרו כמה וכמה פעמים להפסיק פשע חמור זה, עוד הוסיפו עכשיו בתעלוליהם והרסו וחיללו עוד חלק ניכר מבית הקברות רח"ל. לכן אנו רואים חובה לאסור כל שתוף פעולה ומסחר עמהם או בחברות בת שלהם".[27] הקריאה הבלתי שגרתית קוימה על ידי הציבור החרדי, שמשך בהמוניו את פיקדונותיו מבנק לאומי והעביר את חשבונותיו לבנקים אחרים. גם מיליונרים חרדים שניהלו פעילות כלכלית ענפה באמצעות בנק לאומי, הפסיקו את קשרי המסחר שלהם עם הבנק.[28]
החרם הכלכלי הביא את הנהלת הבנק להגמיש במידת מה את עמדותיה, והיא הורתה להנהלת המלון למצוא פשרה שתהיה מקובלת על "אתרא קדישא". לאחר משא ומתן שנמשך ללא תוצאות, פורסמה הודעה מטעם הרבנות הראשית לישראל, שבה נאמר ש"אפריקה ישראל" קיבלה על עצמה להפסיק את הריסת הקברים. "אתרא קדישא" לא אישר את נכונות הדברים, ומבחינתו נותרה הפרשה ללא פתרון ראוי. כתוצאה מכך ממשיכים בציבור הליטאי את החרם על הבנק, ואילו קבוצות חרדיות אחרות, בעיקר חסידי גור, הסירו את החרם נגד הבנק וחזרו להשתמש בשירותיו הכלכליים.[29]
בעקבות הקמתו של פרויקט הבנייה הגדול בממילא נערכה במקום חפירת הצלה מטעם רשות העתיקות. תחילה נערכה חפירה על ידי אהרון מאיר (1989). החפירה העיקרית נערכה בין השנים 1989� בהנהלתו של הארכאולוג פרופסור רוני רייך.
מהתקופה הביזנטית נחשפו באתר קברי שוחה אחדים. במרחק מה משער יפו נחשפה בנובמבר 1992 קפלת תפילה נוצרית קטנה, עם אפסיס הפונה למזרח, ובו עקבות פרסקו המתאר את סצנת הבשורה. בקיר הצדדי נפער פתח אל מערה ובה נמצאו מושלכות כמויות ניכרות של עצמות אדם. לפני הפתח נמצאו שרידים של כתובת יוונית עשויה ברצפת הפסיפס ובה נאמר: "לישועה ולהצלה של מי שהאל יודע את שמותיהם" – נוסח הידוע מכנסיות נוצריות אחרות בנות התקופה. צלבים תוארו גם ברצפה וגם על משקוף הפתח למערה. ניפוי ממצא העצמות העלה תליונים אחדים דמויי צלב ומטבעות שהמאוחרת ביותר מביניהן היא מימיו של הקיסר הביזנטי פוקאס (602–610). נתונים אלה ושיקולים נוספים הביאו את החופרים למסקנה שמדובר באחד ממקומות הקבורה שאליו נאספו כ-20,000 קרבנות הטבח שערכו הכובשים הפרסים הסאסאנים, בעת כיבוש ירושלים בידי הפרסים בשנת 614.[30] על כשלושים מקומות קבורה שכאלה אליהם אסף תומאס הקברן את שיירי הגופות של קורבנות הטבח ידוע מהמקורות ההיסטוריים (רשימה שנשתמרה בשש גרסאות בערבית ובגאורגית) באזור בריכת ממילא. וכן, שהמערה הזו הייתה אחת ממקומות הקבורה, והמקום הראשון בסדרה זו שהתגלה בחפירות.[31] הפטריארכיה היוונית-אורתודוקסית בירושלים בדקה גם היא את הממצאים ממערת הקבורה וקבעה שמדובר במתים נוצרים. בסיום החפירות הועברו העצמות למוזיאון רוקפלר ונשמרו במחסן מיוחד במוזיאון.[32]
המאבק על עצמות מערת הקבורה בקפלה הנוצרית[עריכת קוד מקור | עריכה]
ב-22 בנובמבר 1992 גילו החרדים את החפירות ותוך זמן קצר התארגנה במקום הפגנה. הארכאולוגים עזבו את המערה והחפירות הופסקו. מסקנתם של הארכאולוגים ושל הכנסייה היוונית אורתודוקסית לא התקבלה על דעת "אתרא קדישא", שסבר שקיים היה סיכוי סביר שמדובר במערת קבורה מתקופת בית ראשון שבה נקברו נוצרים בקבורה משנית.[33] לפני מערה זאת נמצאו באזור ממילא יותר מ-60 מערות קבורה שפונו בהסכמת "אתרא קדישא".[34]
ב-21 בנובמבר 1992, במוצאי שבת לאחר חצות, הגיעו הארכאולוגים החופרים רוני רייך ואלי שוקרון אל מערת הקבורה כדי לאסוף מתוכה מטבעות וממצאים ארכאולוגיים נוספים, וכששבו למכוניותיהם גילו ששמונת הצמיגים במכוניותיהם נוקבו.[35]
ב-3 בינואר 1993 הסתיימו החפירות במערת הקבורה, והוצאו ממנה מאות שקי עצמות. בעקבות כך פרצו באותו יום לפנות בוקר הפגנות חרדים נרחבות בירושלים שנמשכו כל היום. המפגינים תקפו שוטרים, חילונים והפכו מכוניות של בני מיעוטים. כיכר השבת נחסמה, מדי פעם נחסמו גם עורקי תנועה בעיר. ההפגנות כללו גם יידוי אבנים והצתת עגלות אשפה. 6 שוטרים נפצעו מיידוי האבנים וחלקם נזקקו לאשפוז. המשטרה הפעילה גז מדמיע וירתה כדורי גומי במטרה לפזר את ההפגנות.[36][33]
ב-21 בנובמבר 1993 החליט מנהל רשות העתיקות אמיר דרורי להעביר את עצמות המערה לידי משרד הדתות וזאת על סמך הבטחתם להעביר את העצמות לידי הפטריארכיה היוונית-אורתודוקסית. למחרת הגיעו נציגי משרד הדתות עם עשרות פעילי "אתרא קדישא" למוזיאון, פתחו את המחסן והעמיסו שקים של עצמות. דרורי, שהיה עסוק באותו זמן במאבק דומה בתל שבע, הורה למנוע מהחרדים לעזוב את המקום עם העצמות. לעזרת אנשי "אתרא קדישא" הגיעו למקום עשרות תלמידי ישיבות ובמקום התפתחה מהומה שבמהלכה הגיעו למקום שוטרים. כדי לסיים את המהומה הסכים דרורי לשחרר את העצמות תמורת מכתב ממנהל אגף הקבורה במשרד הדתות זליג ברוורמן שבו נאמר: "בתור נציגי המשרד, אני מקבל מרשות העתיקות עצמות של נוצרים ביזנטיים ממילא למשמרת עד שיוחלט על ידי הגורמים המוסמכים מה לעשות בהם". למרות המכתב פעילי "אתרא קדישא" נסעו עם העצמות למקום מחבוא בבני ברק. הם לא הסכימו להחזיר את העצמות למשרד הדתות אלא אם העצמות יובאו לקבורה יהודית מלאה. העצמות נקברו בליל 24 בנובמבר 1993 בבית קברות שהוגדר כיהודי בסמוך למושב יסודות.[32]
בשנת 1995 נערכו ביפו חפירות מטעם רשות העתיקות, כהכנה לבניית פרויקט המגורים "גבעת אנדרומדה". במקום נתגלו קברים רבים ופעילי "אתרא קדישא" דרשו את הפסקת החפירות. פעילי מנוף - המרכז למידע יהודי עתרו לבג"ץ נגד המשך העבודות, אך בית המשפט דחה את העתירה והחפירות נמשכו. במקום החלו הפגנות סוערות, והמשטרה הפעילה כוח רב במטרה לפזר אותן. בסופו של דבר הוכתר המאבק בהצלחה חלקית, כאשר נמנעו היזמים מבניית החניון התת-קרקעי שתוכנן באזור הקברים. כך ניצלו קברים רבים מפגיעה.[37] החרדים הטילו על המעורבים בפרשה זו קללת "פולסא דנורא", וזקפו לקללה זו את מותם של שלושה מעובדי הפרויקט.[38]
בשנת 2010 חודשו העבודות במקום, לשם בניית בית מלון, ובמקביל גם המחאות, במהלכן נרשמו מספר ימים סוערים באתר העבודות עם מספר רב של עצורים, במהלכן הוחלט לאיים בחרם על חברת "אלקטרה", שרשומה כיזם מרכזי באתר הבנייה (אף שחדלה להיות מעורבת במיזם), איום שגרם לעצירת העבודות במקום.[39] לאחר מכן חודשו שוב העבודות ובעקבות כך יצא בג' תמוז תש"ע, כרוז מטעם רבנים אחדים "להימנע מקשרי מסחר עם חברת אלקטרה - עד שיחזרו בתשובה". עתירה לבג"ץ להפסקת העבודות נדחתה.[40]
ביום 27 במרץ 2011 דיווחה רשות העתיקות שבקברים נמצאו פגרי חזירים שהוטמנו לצד הנקברים, עובדה זו היא הוכחה שהקברים הם קברי פגאנים ולא קבורה של יהודים.[41]
בשנת 1997 נערכו בתל אל פול חפירות מטעם רשות העתיקות, כהכנה לסלילתו של כביש מס' 1 בקטע שמחבר את צומת הגבעה הצרפתית עם שכונת נווה יעקב. החפירות במקום נוהלו על ידי ד"ר יובל ברוך מטעם רשות העתיקות שגילה באתר עשרות קברים. עם גילוי הקברים, דרשו פעילי "אתרא קדישא" את הפסקת החפירות. שתדלנים חרדיים בראשותו של הרב מיכה רוטשילד מירושלים נקראו למצוא פתרון לבעיה. בסיועו של הרב רוטשילד הגיע הרב אלישיב לפתרון, לפיו לצד כל קבר יערך קידוח ממפלס הקרקע לתוך מעבי הסלע. לתוך הצינור הקדוח יוכנסו העצמות כשהן ארוזות בכדי חרס. כך האמין הרב אלישיב לא יוזזו העצמות ממקום קבורתם. פתרון זה לא התקבל על ידי אנשי "אתרא קדישא" ואלה יחד עם מאות חרדים (בעיקר מחסידות סאטמר) ארגנו הפגנות אלימות קשות. בסופו של דבר הפרויקט נעצר וסלילת הכביש לא הושלמה.
בקיץ 2004, במהלך חפירות הצלה שערכה רשות העתיקות בסמוך לגבעת נפוליאון לצורך הקמת מעבר תת-קרקעי מתחת לפסי הרכבת ברחוב בן עמי בעכו (חלקו המערבי של כביש עכו-צפת), התגלו במקום קברים עתיקים. הארכאולוג שחפר במקום טען כי מדובר בקברי חיילים רומאים מהעת העתיקה,[42] אך "אתרא קדישא" ו"האגודה למניעת חילול קברים" (ארגון שהתפלג מ"אתרא קדישא") טענו כי מדובר בבית קברות יהודי עתיק, שבו טמונים חלק מבעלי התוספות שעלו לארץ ישראל. הם הסתמכו על עדותו של תלמיד הרמב"ן שכתב: "בין השער המזרחי של עכו לבין ההר מצוי בית העלמין העתיק", על מקורות נוספים שלפיהם באזור זה נהגו יהודי עכו לקבור את מתיהם ואף על דברי יוסף ברסלבי שחקר את המקום ב-1946 וכתב כך בספרו.[12]
אנשי האגודות הציעו להקים במקום גשר במקום מעבר תת-קרקעי, אך חברת יפה נוף שביצעה את הפרויקט התנגדה לכך מנימוקים כלכליים. מהנדס העיר עכו הביע אף הוא התנגדות להצעה, בעיקר מטעמים אסתטיים.[43] בעקבות כך פרצו שוב הפגנות מחאה בירושלים ובאתר החפירות בעכו. המשטרה פעלה באלימות והנושא אף עלה לדיון בוועדת הפנים של הכנסת.[44] בסופו של דבר הקפיא ראש הממשלה אריאל שרון את עבודות החפירה.[12]
העבודות חודשו רק בקיץ 2008, לאחר שמבצעי הפרויקט הסכימו להשאיר את הקברים במקומם ולכסותם בשכבת בטון עבה,[45] והמעבר נפתח לתנועת כלי רכב פרטיים בספטמבר 2012. עם זאת, בשל הקברים המנהרה נמוכה (כ־2.2 מ'), דבר המונע מאוטובוסים ומשאיות להשתמש במעבר, ומאלץ את קווי התחבורה הציבורית לשני הכיוונים לבצע עיקוף של כ־2.5 ק"מ.
בדצמבר 2004, במהלך עבודות בקטע 18 שבכביש 6, התגלו בסמוך לקיבוץ רגבים מערות קבורה. "אתרא קדישא" ו"האגודה למניעת חילול קברים" החלו למחות נגד מה שנחשב בעיניהם חילול הקברים, ומאות חרדים באו למקום לנסות למנוע את המשך העבודות. פשרה שגובשה אפשרה את המשך העבודות, אך תוך זמן קצר נתגלו מערות קבורה נוספות והעבודות הופסקו בשנית.[46] המאבק נמשך זמן רב, ומשרד התחבורה וחברת דרך ארץ הציעו פתרונות שונים שנדחו על ידי "אתרא קדישא". בירושלים ובאתר העבודות התקיימו הפגנות סוערות והועמדו משמרות קבועות מצד החרדים. מחלוקת חדשה שהתעוררה בין הצדדים נסבה סביב השאלה האם ניתן לסלול את הכביש במקום שממנו פונו הקברים. היזמים טענו שמכיוון שכרגע אין במקום קברים אין מניעה לסלול שם כביש, ואילו אנשי "אתרא קדישא", שחששו מקביעת תקדים, טענו ש"לא יהא חוטא נשכר", ואין להתיר את הסלילה על גבי המערות המרוקנות. גם בקרב פוסקי הלכה התעורר ויכוח, והרב ישראל רוזן טען כי אין מניעה הלכתית להמשיך עבודות שכבר החלו.[47]
לפי הערכות שפירסמה חברת דרך ארץ, הנזק הכלכלי שנגרם כתוצאה מההפגנות והעיכוב בבניית הכביש עומד על 150 מיליון ש"ח[47] המהנדס הראשי של כביש 6, ראובן לב-און, העריך את הנזק הכלכלי שנגרם ב-80 או 90 מיליון ש"ח. לדבריו, פעילי "אתרא קדישא" נהגו באלימות קיצונית, שכללה איומים טלפוניים ברצח ותקיפה של בתי מנהלי חברת דרך ארץ. בדבריו הוא משווה את התנהלותם של פעילים ירוקים לפעילותם של פעילי "אתרא קדישא", וקובע כי האחרונים נהגו באלימות רבה וכי "אנחנו נמצאים עמוק בתוך מלחמת תרבות".[48] מנגד נטען כי פעילותם של הירוקים לא נשאה פרי, ולולי אלימות מצד פעילי "אתרא קדישא" לא היו הרשויות נענות לדרישותיהם.[49]
לאחר יותר משנתיים של השעיה הוחלט להסיט את תוואי הכביש במספר מטרים, וכך התאפשרה סלילתו של הקטע הצפוני בכביש.[50]
ערך מורחב – מרכז רפואי ברזילי
אחרי שבמבצע עופרת יצוקה פונו רוב המטופלים ממרכז הרפואי ברזילי באשקלון, משום שהוא אינו ממוגן נגד רקטות, החלו תוכניות הרחבה לבית החולים.[51] רשות העתיקות ביצעה סקר ארכאולוגי מקדים באתר הבנייה, ובו התגלו קברים מהתקופה הביזנטית,[52] על סמך מיעוט הממצאים לא היה ניתן לקבוע בוודאות את זהות הנקברים, אך להשערת הארכאולוגים הקבר הוא חלק ממערך של קברים של לא יהודים מהתקופה הרומית והביזנטית. עם זאת לא נשללה האפשרות שמדובר בקברי יהודים [דרוש מקור]. "אתרא קדישא" ו"האגודה למניעת חילול קברים" טענו כי מחמת הספק יש לנהוג בקברים שנמצאו כקברי יהודים, ופעלו למניעת המשך העבודות. משרד ראש הממשלה הורה לרשות העתיקות להפסיק את העבודות בשטח הקברים עד למציאת פתרון מוסכם לבעיה.
הרב הראשי האשכנזי יונה מצגר קבע "לאור העובדה שכל שינוי במקומו של הבניין יעכב את הקמתו בכמה שנים ומכיוון שבפיקוח נפש עתידי וצורכי רבים עסקינן, ומכיוון שהקברים אשר נמצאו הם ספק קברי יהודים... יש להתיר את פינוי הקברים אשר נמצאו באתר למקום מכובד וראוי".[51] חשובי הפוסקים החרדים חלקו על היתרו של הרב מצגר, וטענו כי "הזכרת היתר פיקוח נפש לדברים עתידיים כאלה הוא סילוף שיש בו עקירת התורה... ולפי מה ששמענו שישנה אפשרות לבנות את בית החולים מצד אחד שבו לא תהיה פגיעה בקברים, הרי כל הדיון הוא ללא צורך", כתבו הרב ניסים קרליץ והרב שמואל וואזנר. הוסיף על כך הרב יוסף שלום אלישיב: "על פי הבירורים והנתונים שהוצגו לפניי, אין מקום להתיר לפנות המתים במתחם בית החולים באשקלון, ויש להקים את האגף החדש בצורה שלא יפגעו בבית הקברות".[53] לעומת זאת רבנים אחרים הביעו את דעתם שמותר לפנות את הקברים אף אם יוברר שאלו קברי יהודים, לדוגמה רבני צֹהר[54] והרב מאיר מאזוז.[55]
סגן שר הבריאות יעקב ליצמן החליט, חרף העמדה שהביע מנכ"ל משרדו, לקדם את העברת בניית האגף החדש של בית החולים לצד צפון של המבנה הקיים, ובכך למנוע את הפגיעה בקברים.[56] במרץ 2010 אישרה הממשלה את תוכניתו של ליצמן.
הפרשה הסתיימה לאחר שהממשלה החליטה לפנות את הקברים מהמתחם. הפינוי בוצע תחת אבטחה משטרתית, שמנעה מפעילי "אתרא קדישא" להפריע לעבודות הפינוי.
בפרויקט בנייה המיועד לציבור החרדי בבית שמש התגלו מערות שלדברי אתרא קדישא ייתכן שהן קברי יהודים עתיקים. הארגון נאבק במטרה למנוע את הבנייה. בין רבני העדה החרדית נתגלעו חילוקי דעות, כאשר הגאב"ד, הרב יצחק טוביה וייס, אסר את הבנייה והראב"ד, הרב משה שטרנבוך, התיר אותה. במקום התגלה שדה קבורה גדול, אולם הרב שטרנבוך ואחרים סברו שאין איסור לבנות במקום משום שאין מדובר בקברי יהודים.[57] בעקבות המחלוקת התפטר היזם, אברהם סלונים, והרוכשים החליטו בהצבעה למנות ועדה שתקדם את המשך הבניה. אנשי הארגון הפגינו במשך תקופה ארוכה במקום. הם תקפו את היזמים אריה גולובנציץ[58] ואברהם סלונים והשמיצו את הרב שטרנבוך. מאבק זה החליש את הארגון וגרם להתנגדות לו בקרב חלק מהקבוצות השייכות להעדה החרדית, כמו תולדות אהרן וחסידות דושינסקי, שלהן חסידים רבים שרכשו דירות בפרויקט.
ב-2019, פורסמו מכתבים מחלק מרבני העדה החרדית, שבהם נקרא הציבור להחרים את המתחם. מנגד פורסם מכתב מהרב חיים קניבסקי שלפיו מותר להתגורר שם אף לכהנים.[59]
כחלק מפעילויות שימור הקברים, מסייע "אתרא קדישא" בשיקום ושימור בית הקברות היהודי בהר הזיתים. לאחר מלחמת ששת הימים החלו פעילי הארגון במיון העצמות שהתפזרו בשטח ההר בתקופת שלטונם של הירדנים. הפעילים סייעו גם באיתור קברים נעלמים של העדה הבוכרית, ופיקחו על הקמת המצבות המחודשות. הארגון גם מפקח על פעולות שיקום המצבות שמבצעת החברה לפיתוח מזרח ירושלים בהר הזיתים.[60]
במקביל לפעילות "אתרא קדישא" בישראל, עוסק הארגון בשמירה על קברי יהודים גם באירופה ובמקומות נוספים. הארגון היה פעיל במאבק הציבורי למען שמירת בתי עלמין בוויניצה,[61] באומן[62] ובברדיצ'ב שבאוקראינה,[63] בווילנה שבליטא,[64] בפלזן שבצ'כיה,[65] בברצלונה שבספרד[66] ובאיסטנבול שבטורקיה.[67] הפעילות נעשית בשיתוף פעולה הדוק עם מרכז רבני אירופה ואגודת "אהלי צדיקים".[68] לרוב נושאת הפעילות בחו"ל אופי של שדלנות ולחצים דיפלומטיים, ולא הפגנות המוניות והפרעות פיזיות לעבודות.
